Ở những bệnh nhân được điều trị, các phản ứng có hại phổ biến nhất là tiêu hóa, bao gồm khó tiêu, buồn nôn, nôn, đầy hơi, đau bụng, tiêu chảy và đôi khi táo bón. Các rối loạn phổ biến khác ảnh hưởng đến da (ngứa, nổi mề đay, phát ban, nhiễm độc quang và nhạy cảm ánh sáng) [11] và hệ thần kinh trung ương (chóng mặt, nhức đầu, run rẩy, dị cảm, suy giảm cảm giác vị giác và khứu giác), rối loạn tâm thần (thay đổi giấc ngủ trạng thái chu kỳ của sự lo lắng, trầm cảm, ảo giác và ác mộng).[12][13] Fleroxacin và các fluoroquinolone khác, được biết có gây ra cơn động kinh hoặc hạ thấp ngưỡng động kinh, do hoạt động ức chế của chúng trên liên kết với thụ thể GABA. Không nên dùng kháng sinh cho bệnh nhân bị động kinh hoặc có tiền sử cá nhân về các cơn co giật trước đó vì chúng có thể thúc đẩy sự khởi đầu của các rối loạn này.[14][15]